Разрабатываются планы по совершенствованию цепи поставок, ставятся цели для бенчмаркетинга (внедрения в практику работы организации технологий, стандартов и методов работы лучших организаций-аналогов), вырабатывается новая стратегия работы; улучшается управленческая структура. К работе привлекается опытный персонал (бывшие сотрудники спецслужб или отставные военные); для оценки рисков используется структурированный подход, получивший название «анализ риска», включающий в себя собственно оценку риска, управление риском, обмен информацией и мнениями в процессе работы; ужесточаются требования по информационной безопасности. Используются системы обнаружения вторжения, происходит передислокация информационных систем, локальная сеть изолируется от Интернета, проверяется отчётность партнеров; утверждается план непрерывности бизнеса.
В сотрудничестве с логистическими организациями определяются основные методы и средства сохранения работоспособности цепи поставок при возникновении различных аварийных ситуаций, а также порядок работ по восстановлению процессов обработки информации в случае нарушения работоспособности цепи и всех ее компонентов; проектируется взаимодействие логистических систем промышленных предприятий в цепи поставок. При поддержке правительственных и иных организаций внедряется система требований и стандартов, совместимых информационных технологий и средств автоматической идентификации, единых для всех участников логистической цепочки.